환경부(국립환경과학원)는 4대강 사업 보 설치구간의 수생태계에 대한 2010년부터 2012년까지 3년간의 조사결과*를 발표했다.
 *  ‘4대강 보 설치 전·후 수생태계 영향평가 연구’를 통해 수행
 4대강 16개 보 구간(상․하류 각 1km, 총 2km)에서의 생물상 변화를 조사한 결과, 수계별로 차이는 있으나 저서성 대형무척추동물과 어류, 식생의 변화가 일부 확인됐다. 물밑 바닥에 사는 저서성 대형무척추동물은 모든 수계에서 총 출현종수가 감소했고, 특히 흐르는 물에 주로 서식하는 유수성 종의 출현종 수가 감소했다. 어류도 수계별로 종수와 개체수 변동은 차이가 있으나 전체적으로 우점종이 유속이 느리거나 정체된 수역에 서식하는 정수성종으로 변화하고 있음이 확인됐다. 식생은 제방공사, 수변공원 조성 등으로 1, 2년생 초본식물과 귀화식물의 유입, 식재종 증가로 인해 총 출현종 수는 증가했다. 
 조사 구간에서 확인된 멸종위기종은 무척추동물 1종, 곤충류 1종, 어류 3종, 양서․파충류 3종, 포유류 2종, 조류 22종, 고등식물 2종으로 대부분 원 서식처 또는 대체 서식지에서 확인됐다. 멸종위기야생동물 귀이빨대칭이는 낙동강 수계(합천창녕보)에서 갈수기와 준설로 수위하강에 의해 일시적으로 발견(2011년)됐으나 이후에는 수위상승으로 확인되지 않았다. 물 흐름이 있고 수심이 얕은 여울에 서식하는 한강 수계(여주보) 꾸구리와 금강 수계(공주보) 흰수마자는 보 설치 공사가 진행됨에 따라 본류 구간에서는 채집되지 않았으며, 지류지천 조사를 통해 서식을 확인했다. 한강 수계의 냇가 모래땅이나 물가 저지대 등에서 자생하는 단양쑥부쟁이와 층층둥굴레는 원형보전지역(삼합리섬, 왕대리섬)과 대체 이식지(강천섬, 왕대리섬, 백석리섬)에서 생육이 확인됐다.
 생태계교란종은 어류 중 블루길, 배스와 양서․파충류인 황소개구리, 붉은귀거북, 줄무늬목거북이 출현했고, 포유류인 뉴트리아는 낙동강에서만 출현했으며, 종수의 변동은 없었다. 식생은 돼지풀, 단풍잎돼지풀, 가시박, 미국쑥부쟁이 등 총 9종의 생태계교란종이 출현했으며, 4대강 모두 종수는 증가했으나 분포면적의 변동은 미미했다.
 환경과학원 관계자는 “보 설치공사 중․후 3년간의 조사 결과만으로 수생태계 전반에 대한 영향 여부를 판단하기에는 한계가 있다.”며 “앞으로도 장기적이고 지속적인 모니터링을 통해 수생태계 변화 추이를 파악하고 건강성을 증진하는 방안을 마련해 나갈 것”이라고 밝혔다.